1、水灾后饮用水的消毒
洪涝灾害期间，水源容易受到细菌、病毒、寄生虫卵、幼虫的污染，喝这样的水，用这样的水洗食品、餐具或刷牙、漱口，便容易引起疾病的传播。因此注意饮水的消毒是非常重要的。
饮水的消毒方法很多，简便实用的是煮沸消毒和氯化消毒法。
2、水灾后对环境的消毒
（1）及时修复被洪水淹没的公厕、收集站点的设施，并进行消毒处理。粪便处理不好，极易污染水源，孳生蝇类。灾民安置点设临时厕所，不随地大小便。粪便消毒采用10份粪水加1份漂白粉，搅拌，2小时后倒在指定地点掩埋。肠道传染病人的粪便，按5份与漂白粉1份的比例，或加等量生石灰，搅匀2-4小时后，倒在指定地点掩埋。
（2）对清淤后的环境可用1000-2000mg/L有效氯溶液(每1公斤水加5g-10g漂白粉，漂白粉有效氯按20%计)喷洒消毒30分钟。
（3）对水灾致死的家畜、家禽等动物尸体要及时清理和掩埋或焚烧。先用5%漂白粉上清液喷雾消毒1-2小时后，装入塑料袋，投入深坑，掩埋地要远离居住地和距水源50m外，挖坑深≥2m，在坑底和动物尸体上层应用漂白粉按20-40克/m2的量处理后覆土掩埋压实。
（4）消毒：可燃物质尽量焚烧，也可喷洒10000mg/L有效氯含氯消毒剂溶液，作用60分钟以上。消毒后深埋。
3、水灾后的灭蝇工作
大雨过后，苍蝇孳生地因水淹，蝇幼虫大多死亡，但由于水的冲刷使生活及有机物漂流到各种死角和缝隙处，形成面广、量大的新孳生源地，因此雨后灭蝇应从以下入手：
（1）清除过水后的死角，彻底消除苍蝇孳生地.
（2）旱厕及时清挖，家庭生活要注意装袋封存，日产日清，防止散落。
（3）存放的干草、树叶等有机过水后发酵即可成为苍蝇孳生源，也要及时清除或采取沤肥处理。
（4）成蝇可采取菊酯类药物，如赛克宁稀释50-80倍滞留喷洒或蝇拍捕杀的办法进行杀灭。
4、水灾后低洼区的灭鼠工作
大雨过后低洼区域大量过水，鼠洞被淹没，因大家鼠具有良好的游泳能力，大部分个体存活，少部分病鼠或存活能力差的老鼠被淹死，对于鼠尸要统一挖坑深埋。存活下来的个体，由于生态环境的改变，探索行为加强，破坏性更大，此时可以采用多种措施如鼠夹、粘鼠板、鼠药等单独或同时布放在老鼠经常活动的地方进行杀灭，切记千万不要使用剧毒鼠药，由于此时多水，剧毒鼠药更易引起难以估计的后果。灾后清洁环境、堵鼠洞、清除散落的生活是保证灭鼠效果的关键。
5、水灾过后的灭蚊工作
蚊虫孳生于水中，大雨过后由于雨水的冲刷作用，原孳生地的蚊幼虫被水冲走，短时间内蚊虫的密度可能不升反而会出现下降，但由于雨后空气湿度增高，更适合成蚊叮刺吸血繁殖后代，成蚊吸血频率增高。雨后各种积水增加，蚊虫孳生地增多，在雨后大约10天左右蚊虫密度将会形成一个高峰期，主要表现在人被叮的次数增加，同时被感染各种蚊媒传染病，如流行性乙型脑炎(俗称大脑炎)、登革热等机会增加。因此大雨过后灭蚊的关键是消除各种积水，疏通沟渠，主要是房前屋后、院落内的盆罐积水要清除，特别是饮料瓶、矿泉水瓶，量多，面广更应引起注意。再生资源收集点是重点单位，可采取菊酯类药物如赛克宁稀释50-80倍喷洒的办法防止蚊幼虫孳生。沟渠积水要及时疏通，对于观赏池内积水可及时补充放养鱼类，采取生物防治的办法控制雨后蚊幼虫的孳生。
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