若干危险因素可使个体更容易感染沙门氏菌，包括其整体健康状况和环境、并发疾病、使用某些药物（如：皮质类固醇或化疗，会抑制免疫系统）、以及暴露在有机体中感染后的几种情况：胃肠炎（腹泻，带血或不带血）、轻微的非特异性症状（如嗜睡、抑郁、厌食、腹泻和发热）、流产、细菌血症和内毒素血症（由血液中存在细菌或其毒素而引起的全身性疾病）。
因为沙门氏菌的症状有很多，所以当这些受感染的个体出现时，有许多疾病都必须首先被考虑排除在外。
许多会引起胃肠道症状的感染因子需要与沙门氏菌区别开来。这些包括：
1、其他细菌——梭状芽孢杆菌、弯曲杆菌、大肠杆菌、耶尔森氏菌、伤寒杆菌、葡萄球菌等
2、病毒——细小病毒、冠状病毒、轮状病毒、副粘病毒、腺病毒I型、传染性犬肝炎病毒
3、真菌——组织浆菌、曲霉菌
4、立克次氏菌——比如落基山斑疹热
5、肠道寄生虫。蛔虫、钩虫、鞭虫、球虫和鞭毛虫是急性腹泻的常见原因，尤其是对幼犬来说。你可能在粪便中也找不到这些虫子。
6、出血性胃肠炎（HGE）是一种戏剧性的、潜在的致命疾病，目前还不清楚病因。它有一个小型品种犬的偏好（即小型犬种容易患HGE），特点是突然发作大量的带血腹泻和偶尔呕吐。
7、小肠细菌过度生长（SIBO）的特点是正常肠道菌群（细菌）的过度生长，症状上会类似于沙门氏菌病。
8、急性胃肠炎是一种胃/肠壁的炎症，以腹泻和呕吐为特征。
9、饮食不检点包括：摄入变质的食物、暴饮暴食、摄入外来物质，以及突然的饮食变化。它在狗身上比在猫身上更常见，这是由于很多狗都有不加选择吃东西的习惯。
10、与特定蛋白质、乳糖、高脂肪饮食和某些食品添加剂相关的饮食不耐症也可能会导致类似沙门氏菌的症状。
11、药物和毒素通常会直接刺激肠道内壁或干扰正常的细菌群，从而导致急性腹泻。例如非甾体类消炎药，如：阿司匹林、皮质类固醇、抗生素、抗癌药物、杀虫剂、草坪和花园产品、重金属和某些心脏药物（洋地黄）。
12、许多代谢性疾病（肾、肝、肾上腺机能减退、甲状腺机能亢进）都伴有胃肠道疾病的临床症状，包括：腹泻。腹泻可能是带血的，在这些病例中经常伴有多种其他全身症状。
13、肠套叠（肠内伸缩）通常会引起胃肠道症状。它一般与炎症、异物、寄生虫或肿瘤的存在有关，通常会引起腹泻。
14、胰腺炎——胰腺的炎症——会引起一系列的临床症状，包括严重的出血性腹泻。
15、外分泌胰腺功能不全（EPI）是一种胰腺不能产生足量消化酶的疾病。这种缺乏通常会导致继发于消化不良和吸收不良的腹泻。
许多会引起发烧的疾病也需要与沙门氏菌病区别开来。这些包括：
1、传染病，如：病毒、细菌、真菌、立克次体和寄生虫病
2、免疫或炎症性疾病，如：系统性红斑狼疮（SLE）、多关节炎（关节炎症）、多肌炎（肌肉炎症）、脑脊髓炎（大脑和脊髓的炎症）、胰腺炎等
3、肿瘤（癌症）
许多会引起流产的疾病也需要与沙门氏菌病区别开来。这些包括：
1、传染病，如：病毒性、细菌性、立克次体病和寄生虫病。
2、内分泌紊乱，如：甲状腺功能减退
3、药物治疗，如：使用化疗、激素、某些抗生素等
4、严重压力或创伤
5、胎盘的或胎儿的缺陷问题
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